Hay tres funciones de los calefactores de fondo en los acuarios plantados. El primero y más importante es la relocalización de los nutrientes y permitir que estos esten disponibles para las plantas. Como se ha mencionado anteriormente el sustrato tiende a capturar el fosfato el que podría ser usado por las plantas, pero no por las algas. Segundo, debe existir un equilibrado balance para proveer oxigeno al sustrato, pero no demasiado. Zonas del sustrato con muy poco oxigeno o sin él puede generar zonas con gases venenosos (para evitar posibles problemas con la formación de gases en el sustrato es recomendado colocar una capa de carbón activado en el sustrato de manera de capturar los gases que se formen). Al mismo tiempo, condiciones medianamente anaeróbicas conduce a un ambiente reducidos donde los elementos trasa estan en una forma disponible para las plantas. En acuarios densamente plantados, las raíces de las plantas pueden realizar esta función, ya que, se distribuyen rápidamente a todas las áreas del sustrato. En la medida que las raíces impulsan el agua llena de nutrientes hacia sus tejidos para aprovecharlos , el agua que está sobre ellas baja a tomar el puesto de las retiradas por las raíces. Al mismo tiempo, las plantas traen oxigeno de la superficie hacia el sustrato, previniendo las peligrosas condicioes anaeróbicas. Un sistema que mueve cuidadosamente el agua a través del sustrato podría mantener una entrega constante de nutrientes y niveles de oxigenación para las raíces de las plantas. Esto es particularmente beneficiosos en los primeros meses de instalación del acuario, cuando las plantas aun no hay cubierto todo el acuario con sus raíces. También parece ser beneficioso para acuarios en su etapa final de vida cuando la vida util del sustrato se quiere extender más de lo adecuado. Estos beneficios se pueden observar de mejor manera sobre todo en sustratos en base a laterita. El tercer punto es el llamado "problema de los pies fríos". Generalmente la temperatura en el sustrato puede ser varios grados menor y generar que las raícs esten a una temperatura que afecte su desarrollo óptimo. Usando un calefactor de fondo podríamos homogenizar la temperatura dentro del acuario.